На существование у зародышей курицы двух пластов обратил внимание еще в «доклеточный» период развития эмбриологии К. Вольф (11759). Позднее X. Пандер в 1817 г. также описал зародышевые пласты у куриного эмбриона. К. Бэр создал основу для теории зародышевых листков, так как распространил понятие о зародышевых листках на всех позвоночных (1828). Но, конечно, основателем современной теории зародышевых листков должен считаться А. О. Ковалевский, который в 1865—1871 гг. вместе со своими современниками И. И. Мечниковым (1886) и Э. Геккелем (1866,1871) обнаружили зародышевые листки у беспозвоночных животных и внесли коррективы в их описание, наполнив понятие новым содержанием, обусловленным эволюционной идеей, дарвинизмом.
Геккель создал гипотезу о происхождении многоклеточных, согласно которой предком их является гастрея — двухслойное животное, по строению подобное зародышам современных животных на стадии гаструлы (см. гл. XVII). Эктодерма и энтодерма, по мнению Геккеля, рекапитулируют (см. гл. XVII) «первичные органы» этого гипотетического предка современных многоклеточных.
Эмбриологи прошлого столетия рассматривали зародышевые листки как основные первичные органы, наделяя их определенными функциями. Эктодерму называли Hautsinnesblatt — кожно-чувствующим листком, а энтодерму Darmdrusenblatt — слизистым или кишечно-железистым слоем, листком первичного кишечника.
Зародышевые листки всех животных стали рассматриваться как наследие первичной двухслойной формы предка Metazoa, как гомологичные образования. В этом суть теории зародышевых листков.
Теория зародышевых пластов — самое крупное морфологическое обобщение за всю историю эмбриологии. Она сыграла выдающуюся роль в сравнительной, эволюционной эмбриологии. И в настоящее время, несмотря на сомнения в ее правильности и на явную ошибочность ряда утверждений основателей ее, понятия об эктодерме и мезодерме, применяемые к развитию почти всех многоклеточных животных, никем из эмбриологов не оспариваются, хотя многие ученые вкладывают в них разное содержание. Все, однако, согласны с тем, что эти понятия характеризуют определенные этапы развития зародышей, отражают последовательность образования зачатков органов, историческую непрерывность функционального характера листков, их органо-образовательную специфичность. Все эволюционисты-эмбриологи не отрицают, что зародышевые листки, возникающие в ясной форме у подавляющего большинства животных, являются одним из многочисленных свидетельств единства животного мира.