В изучении процессов гаструляции большую роль сыграла предложенная В. Фогтом в 1925 г. методика маркировки частей зародыша. Кусочки агара необходимой величины помещаются в растворы витальных красителей (метиленовый синий, нейтральный красный, коричневый Бисмарка и др.). Пропитавшиеся красителями кусочки агара прикладывают к поверхности эмбриона в пунктах, интересующих экспериментатора. Благодаря диффузии красителя определенная группа клеток оказывается окрашенной . Если на стадии бластулы сделать метки в разных ее участках, можно проследить меняющееся в ходе гаструляции положение этих меток, описать гаструляционные перемещения частей зародыша. Благодаря методу Фогта превосходно изучен процесс гаструляции у амфибий. Конечно, методику Фогта невозможно применить к очень маленьким яйцам, а также к тем, оболочки которых непроницаемы для витальных красителей. В этих случаях прибегают к другим способам изучения: маркировке тушью, частичками мела, инъекцией некоторых веществ внутрь •отдельных бластомеров и т. п.
На стадии поздней бластулы амфибий и других животных можно точно указать участки, из которых разовьются те или иные органы. Принято говорить о картах презумптивных органов (от лат. praesumptio — предположение, основанное на вероятности). Англичане говорят о fate map — о карте судьбы. Некоторые эмбриологи предпочитают говорить о картах презумптивных зачатков, или презумптивных областей.
На стадии поздней бластулы амфибий можно безошибочно указать границы обширной области анимального полушария зародыша, клеточный материал которой разовьется в эпидермис кожи . В этой области можно указать участки эктодермаль-ного материала для органа обоняния, слуха и эктодермальной части рта, а также участки презумптивной линзы глаза, слизистых желез.